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Oxford Nanopore推出新款纳米孔测序仪GridION X5

生物通 T中

OFweek仪器仪表网讯 英国生物技术公司Oxford Nanopore早前公开的测序平台GridIO,曾引发业界轰动,Oxford Nanopore声称利用这种测序平台可以在几个小时内完成一个人类全基因组的测序。Oxford Nanopore日前宣布,它的纳米孔测序产品家族添加了一个新成员:GridION X5。这个新的系统内最多能够带动五个MinION流动槽,并在单台设备中完成数据处理。

Oxford Nanopore最知名的产品莫过于精妙小巧的MinION测序仪。这个只有U盘大小的仪器在2016年被生物通的读者评为“生命科学十大创新产品”之一,也成为科学家现场测序的首选。去年,它登上国际空间站,完成了第一次太空测序,也协助地球上的科学家监控寨卡病毒等疫情。

尽管MinION的每个流动槽能产生高达20Gb,但仍然无法满足高通量实验室的需求。因此,Oxford Nanopore此次推出了GridION X5,可取代多台MinION的同时运行。据其首席技术官Clive Brown介绍,GridION能够在48小时内生成100Gb的数据,并具有全面的数据处理能力。

Oxford Nanopore推出新款纳米孔测序仪GridION X5

GridION X5系统的测序部分包含五个流动槽。这些流动槽可单独使用或协同使用,并通过USB连接到计算机。与所有的纳米孔测序一样,它没有固定的运行时间。计算机则最多能控制五个流动槽,以1000b/s的速度进行碱基检出。它包含新一代的CPU,8TB的固态硬盘,FPGA处理器,以及Linux操作系统。

GridION X5系统现已公开发售,最迟在5月份发货。这个台式测序仪有两种价格模式:单独购买系统和流动槽,系统售价为12.5万美元,流动槽为299美元;或最初不花钱,但承诺购买300个流动槽,每个价格为475美元,外加1.5万美元的售后支持费。

在过去的一年中,MinION流动槽一直在改进,包括R9.4纳米孔和新的MinKNOW 1.4软件。Oxford Nanopore通过内部实验报告,单个流动槽的产量达到20Gb,而客户也报告了10Gb。利用这些数据,它计算出每Gb的成本约在14.95-47美元之间,具体取决于产量和购买形式。

Brown还宣布了一个认证计划,研究小组在通过认证后可利用GridION X5来提供测序服务。MinION是一台个人型测序仪,未获得服务产品的授权。不过,GridION X5可以提供大规模的纳米孔测序。不过他未介绍认证费用等细节,只表示服务供应商将接受专门的培训和验证,确保他们能熟练地操作这项技术。

GridION X5目前填补了MinION和PromethION之间的空白。MinION自首次推出以来,产量已提高40倍,开始对普通计算机带来挑战。PromethION仍是一种高通量测序仪,适用于大型项目或处理大量样品的客户。公司计划发布PromethION流动槽,其产量达MinION流动槽的6倍,因此整台PromethION能产生Tb级的数据。

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